透析袋分子量的选择：
由于透析膜由海绵状交联聚合物组成，代表膜孔径的截留分子量（MWCO）是一个间接衡量膜分离性能的参数。更准确的说，膜的截留分子量可定义为截留率至为少90%的溶质的分子量。由于溶质的渗透特性取决于分子形状、水合化程度、离子电荷和极性，我们建议选择透析袋分子量是被截留物质的分子量的一半以下（越小越好）/或是将要透出的物质的最大分子量的两倍以上（越大越好）。 另外透析袋分子量的选择还应注意以下几点：
★ 大多数溶质分子的有效尺寸会受其所溶溶液的 pH 值和离子强度的影响。
★ 在对各种应用选择最优 MWCO 时，有必要使用多种膜进行测试。
★ 为使透析速率最大化，选择使用的膜应具有最大的MWCO，且不会导致所需物质的大量损失。
透析袋宽度的选择：
透析袋扁平宽度的选择取决于样品体积和透析容量。较小的透析管透析更快；较大的透析管因扩散距离较长透析较慢。为易于使用，建议使用总长（包括闭合夹和顶部空间）为大约10-15厘米的透析袋。简单来说，透析的样品越多，需要选择的透析袋宽度越大，反之亦然。透析袋直径和宽度的关系可参考下图：
透析袋最常规的用法：
使用时，一端用橡皮筋或线绳扎紧，也可以使用特制的透析袋夹夹紧，由另一端灌满水，用手指稍加压，检查不漏，方可装入待透析液，通常要留三分之一至一半的空间，以防透析过程中，透析的小分子量较大时，袋外的水和缓冲液过量进入袋内将袋涨破。含盐量很高的蛋白质溶液透析过夜时，体积增加50％是正常的。为了加快透析速度，除多次更换透析液外，还可使用磁子搅拌。透析的容器要大一些，可以使用大烧杯、大量筒和塑料桶。小量体积溶液的透析，可在袋内放一截两头烧园的玻璃棒或两端封口的玻璃管，以使透析袋沉入液面以下。