不同的抗体用来做不同的实验，抗体的表位识别跟以下因素有关：
1. 线性表位和构象表位：wb实验中蛋白质经过电泳加热变性为线性结构，所以需要识别线性表位的抗体；免疫组化和免疫荧光实验中，蛋白质保持天然的空间结构，需要能识别构象表位或者未变性的线性表位的抗体
2. 固定和处理方法：样本处理可影响待识别表位的可及性
3. 特异性和效价：不同的实验对于抗体的效价和特异性要求不同
为什么不同的抗体可以做不同样本种属的实验？
许多蛋白质在不同物种间具备高度保守的序列，抗体识别的是蛋白质上特定的表位，如果这些蛋白质确实在不同物种间的序列保守，那么同一个抗体就可以识别多个物种的相同蛋白。抗体说明中的：“交叉反应”就是描述这一特点的。
作为抗体供应商，我们通常会对抗体进行多物种测试。如果一个种属没有列入“交叉反应”，那也不一定不适用，只能说明供应商没有进行测试。
所谓“预测交叉反应”，是通过序列比对分析、表位保守性分析等方式得到的，但是预测交叉反应不总是准确的。